Pues después de estar deliberando, se aclaró que no es un bug sino más bien que las notas no están actualizadas, la solución del problema es tan simple como aumentar el número de WavChannels > 16 en el cfg del mugen, según "R" se soportan hasta 256 y en las notas solo indica que es de 1 a 16, por supuesto yo ya hice pruebas y los resultados son satisfactorios, el posible inconveniente es que entre más canales de audio sean agregados se ocupará mas RAM y esto origina que la carga del mugen se haga un poco más lenta, aclaro solo si se usan valores mayores a 64 y el equipo de prueba no tiene como mínimo 1Gb. de RAM.