Eso se debe a que en Mugen 1.0 hay que agregar el parámetro "localcoord" en la sección [Info] del archivo .def del personaje en cuestión:
[Info]
name = "Kung Fu Man"
displayname = "Kung Fu Man"
versiondate = 09,30,2009
mugenversion = 1.0
author = "Elecbyte"
pal.defaults = 1,2,3,4
localcoord = 320,240
La función de este parámetro es modificar la resolución con la cual se muestra el personaje en pantalla.